Triều Minh Mạng nhà Nguyễn, do phải kiêng húy của vua nên cả tên làng và tên sông "Minh Lương" đều đổi thành Hiền Lương. Sau đó khi có cây cầu bắc ngang sông không mấy xa ngã ba sông Sa Lung và sông Bến Hải cũng mang tên cầu Hiền Lương.

Sông Bến Hải được biết đến nhiều nhất vì vị trí chia cắt hai miền Nam do Việt Nam Cộng hòa và Cộng hòa miền Nam Việt Nam kiểm soát và Bắc do Việt Nam Dân chủ Cộng hòa kiểm soát trong cuộc Chiến tranh Việt Nam từ năm 1954 đến năm 1976. Về mặt địa lý thì sông nằm nhích xuống phía nam vĩ tuyến 17. Hiệp định Genève quy định đây là giới tuyến phi quân sự tạm thời vào năm 1954.

Ngày 4 tháng 10 năm 1957 báo chí Việt Nam Cộng hòa loan tin có ba người vượt tuyến từ miền Bắc bơi qua sông Bến Hải vào Nam.[6]

Nhà văn Vũ Anh Khanh trước ở Sài Gòn nhưng sau theo Việt Nam Dân chủ Cộng hòa tập kết ra Bắc nhưng lại đổi ý muốn tìm lại vào Nam. Ông vượt sông Bến Hải và bị bắn chết giữa dòng.[7]